Полноценная жизнь собора была очень не долгой. По архивным данным, — всего девять лет, с 1908 по 1917 год. Начались годы кровавого революционного лихолетья. В марте 1917 года, после отречения Императора Николая II, в ходе второй русской революции некоторые представители заводской администрации заключены рабочими под арест в подвалы Михайловского храма. Часть духовенства одобрила свержение самодержавия.
8 августа 1918 года ночью у стен Михайловского храма прошел бой между большевиками и восставшими рабочими. Рабочие победили и держались 90 дней, получив безоговорочную поддержку духовенства и большинства окрестных крестьян, особенно удмуртов. В соборе все эти дни совершались богослужения.
В 1932 г. с собора были сброшены все колокола кресты
7 ноября 1918 года по настоятельному требованию Ленина восставший Ижевск взят штурмом силами двух красных дивизий (Азинской и Особой Вятской). В полдень отчаянную попытку ижевцев удержаться, бросившись в «психическую» атаку, поддержал звон всех колоколов Михайловского храма. Затем у его стен, по слухам, красные расстреляли несколько сот ижевских рабочих. Расстрелы шли, но не столь кучно и стихийно, а по имевшим видимость «революционной законности» приговорам мест-ной ЧК, причем в более скрытых местах, а не у храма.
10 ноября у Михайловского храма прошел митинг в честь годовщины Октябрьского переворота. С паперти выступали В. М. Азин и другие. Одновременно на церковной территории, более того, демонстративно у главного входа в храм, были захоронены погибшие от рук восставших рабочих и крестьян 19 «красных» (большевиков, максималистов, беспартийных), в том числе продотрядовцы, грабившие удмуртских крестьян. Такой подчеркнуто возвышенный характер захоронения безбожных «красных» приравнял их к особо почитаемым священнослужителям и епископам, что было воспринято верующими как кощунство.
Именно на этом месте сейчас стоит монумент по проекту заводского архитектора Г. Ф. Сенатова, запечатлевший «красных героев». Во время воссоздания собора памятник решили оставить на прежнем месте. В 1919 году в Ижевске побывали белые войска. Под колокольный звон в брошенный большевиками Ижевск вошли воинские части адмирала А. В. Колчака. В. М. Азин, командир одной из штурмовавших Ижевск красных дивизий, лично бил в колокола Михайловского собора, подавая знак для красной артиллерии. Позже, в 1922 году, на стенах храма члены ревизионной комиссии от епархии отметят «следы от снарядов». Кампания по уничтожению собора началась в 1921 году. Подготовку «общественного мнения» начала большевистская газета «Ижевская правда». В эти же дни, в соответствии с программой «красного террора», ижевские большевики расстреляли без суда священников Аркадия Скарданицкого и Михаила Кибардина, диакона Михаила Пикулева, а также многих прихожан Михайловского храма.
В 1922 году под видом «борьбы с голодом» комиссия под руководством И. А. Наговицына (памятник которому стоит в Ижевске и имя которого носит одна из улиц города) произвела изъятие золотой и серебряной утвари из алтаря собора. Вес серебра составил 20 фунтов 61 золотник. В этом же году перед собором Михаила Архангела торжественно похоронен один из главных воинствующих безбожников —
бывший руководитель ижевских большевиков и редактор «Ижевской правды» В. А. Шумайлов. Православному Ижевску он был известен тем, что 24 января 1912 года хладнокровно, будучи трезвым, зарезал свою родную мать Дарью Шумайлову. Затем над захоронением В. А. Шумайлова и других безбожников был открыт мемориал. Захоронения здесь продолжались до 1939 года. Всего у собора оказалось 34 захоронения большевиков, могилы же священнослужителей были уничтожены полностью.
В 1926 году по распоряжению митрополита Сергия (Страгородского) будущего Патриарха Московского и всея Руси (с 1943 года), создана Ижевская и Удмуртская епархия. Михайловский собор стал первым кафедральным в ее истории. Свято-Александро-Невский собор с конца 1922 года стал принадлежать обновленческой «Живой Церкви», сотрудничавшей с большевиками.
В 1929 году усиливается кампания по закрытию и уничтожению Михайловского собора и других храмов города. К этой кампании присоединился Союз воинствующих безбожников Удмуртии. Так на Пасху, вечером перед Михайловским собором прошло антирелигиозное карнавальное факельное шествие с участием членов ВЛКСМ, Союза воинствующих безбожников и профсоюзов. Перед собором сжигались иконы и чучела православных священнослужителей. Руководил шествием тов. Куликов. В этом же году начато кощунственное строительство сооружения для нужд городского водопровода. Здесь же построена в 1930 году лаборатория. В 1929–1930 годах рядом с собором было построено также полукруглое здание насосной станции водоканала (ныне Центральная диспетчерская), обращенное главным фасадом на улицу Красноармейскую. Все строительство на данном участке велось без археологического надзора, с разрушением захоронений древнейшего в Ижевске Троицкого кладбища, уже полностью скрытых под культурным слоем. Эти сооружения с водохранилищем до сих пор занимают территорию Свято-Михайловского собора.
В 1929–1930 годах райком ВКП(б) закрывает собор. Ижевцы сильно возмущаются. Из-за страха восстания рабочих власти вновь открывают собор. 24 мая 1931 года арестован епископ Ижевский и Удмуртский Синезий (Зарубин), последний архиерей, которому в 1930–1931 годах несколько раз удалось провести богослужение в Михайловском соборе.
В 1932 году, весной, с Михайловского собора сброшены и отправлены в переплавку все колокола. Сняты также девять больших крестов с глав и восемь малых – с небольших шатров над круговой папертью. По ижевской легенде, человек, спиливавший главный крест, был зарезан после этого в пьяной драке на улице Баранова. По некоторым сведениям, главный крест был продан прорабом какому-то священнику и был поставлен последним на одну из могил Северного кладбища.
В 1937 г. Совнарком УАССР принял решение о сносе здания Собора
Собор в 1933 году превращен в музей, вокруг этого здания стали насаждать ботанический сад. В апреле 1936 года уничтожен последний приют православной Михайловской общины — храм Илии Пророка на улице Советской, по меридиональной оси, спускающейся от Михайловского собора. Община окончательно распалась, а Михайловский собор утратил композиционную поддержку на средокрестии ижевского «градостроительного креста». Храм снесен якобы ради строительства библиотеки, но на самом деле ее построили значительно севернее и восточнее.
В 1937 году по решению Совнаркома УАССР начато разрушение Свято-Михайловского собора. Кирпичи из разбираемого собора пошли на строительство мединститута. Кстати, изъятие кирпичей обходилось гораздо дороже, чем изготовление новых. При строительстве мединститута перерасход на кирпичи составил 36 409 рублей. В народе этот обычай называли «заготовка кирпича по заветам Ильича». Остальные кирпичи из собора частично были проданы на сторону, частично использованы для достройки здания пединститута (корпус № 2 УдГУ).
В 1938 году доламывается подвальная часть собора. Одновременно были ликвидированы внутрихрамовые захоронения священнослужителей. В этом же году в Ижевске расстрелян Архиепископ Сарапульский Алексий (Кузнецов), один из тех, кто в 1920-е годы пытался спасти собор от разграбления и закрытия.
В 1937 году местный архитектор Израиль Геймансон разработал генплан Ижевска, в котором запланировал разрушение собора и возведение на его месте театра.
В декабре 1938 года Совнарком УАССР запросил у Госплана РСФСР разрешение включить в план строительства 1939 года возведение театра на месте собора. Через месяц был получен ответ Госплана: «… не представляется возможным по лимитным соображениям». В послевоенные годы подверглись разрушению остатки цокольного этажа и фундамент собора. На расчищенном месте и по периметру площади собора был разбит сквер.
В 1965 году на месте предполагавшегося театра, в сквере, силами мотозавода (ныне ОАО «Ижевский мотозавод «Аксион-холдинг») был возведен фонтан. Он расположился на месте алтаря придела во имя Святителя и Чудотворца Николая…
По материалам книги «Свято-Михайловский Собор. История и современность: Иллюстрированный путеводитель по храму» / Автор-составитель М.Ю. Кузьмин — Ижевск, 2104